Mit dem neuen Einheitlichen Patentgericht (EPG) werden Rechtstreitigkeiten um Patente im Geltungsbereich des Abkommens nicht mehr in parallelen Prozessen vor nationalen Gericht geführt, sondern erfolgen vor einer zentralen Stelle. Dies soll zur einer Kostenreduzierung beitragen und eine einheitlichen Rechtsprechung sichern. Zugleich finden mit dem Inkrafttreten des Übereinkommens zwei Verordnungen zum einheitlichen Patenschutz (Nr. 1257/2012 und Nr. 1260/2012) zum 01.06.2023 Anwendung. Zusammen mit dem Übereinkommen bilden diese Verordnungen den Kern des sogenannten einheitlichen europäischen Patentsystems, das den EU-Mitgliedsstaaten hinsichtlich einer verstärkten Zusammenarbeit offensteht.
Das neue Patentgericht besteht aus einem Gericht erster Instanz, einem Berufsgericht und einer Kanzlei. Das Gericht erster Instanz besteht aus einer Zentralkammer in Paris mit einer Außenstelle in München sowie Lokal-und Regionalkammern, die sich über die teilnehmenden Mitgliedstaaten verteilen. Das Berufungsgericht und die Kanzlei haben ihren Sitz in Luxemburg. In Düsseldorf, Hamburg, Mannheim und München wird es Lokalkammern in Deutschland geben. Präsidentin des Gerichts erster Instanz ist die Französin Florence Butin, Präsident des Berufsgerichts ist der Deutsche Dr. Klaus Grabinski.